La balneoterapia è una delle pratiche termali più diffuse ed è spesso associata all'applicazione dei fanghi e ai massaggi.
Si tratta di un bagno ad immersione in vasche, con o senza idromassaggio, dove l’azione terapeutica è determinata dalla temperatura dell’acqua e dalla composizione chimica dell’acqua stessa. Indicata nei problemi infiammatori e nelle dermatosi, questa cura è spesso impiegata a completamento ed integrazione della fangoterapia.
Negli stabilimenti delle Terme Euganee la balneoterapia si avvale dell'impiego dell'acqua termale salso-bromo-iodica combinata al calore per consentire un'efficace azione riabilitativa. La terapia è indicata soprattutto per sindromi dolorose e contratture muscolari, per programmi riabilitativi dopo traumi, fratture e interventi chirurgici, per la risoluzione di processi infiammatori cronici.
Nel centro termale di Recoaro Terme, in provincia di Vicenza, vengono proposte diverse tipologie di bagni terapici. Molto famoso è il bagno d'ocra, a base di acque fortemente mineralizzate, che risulta efficace non tanto per l’assorbimento di sostanze attraverso la cute, ma quanto per la stimolazione che gli ioni minerali esercitano sulle terminazioni nervose cutanee.
Il centro termale di Bibione dispone di un reparto per la balneoterapia adatto per la cura delle malattie reumatiche e ortopediche. Temperatura dell’acqua e sali in essa disciolti garantiscono l'efficacia terapeutica.